度重なる紛争や環境破壊により、地上は人の住めない地獄と化した。
生き残った人類は地下都市群「ミレニア」を築き、地上の環境が元に戻ると言われている千年後まで地下で生きながらえることを強いられることになる。
そして、その約束の千年目が近づきつつある現在。
かつて人類が夢見た地上は未だ瘴気「ミアズマ」に満ち溢れ、更には独自に進化した未知の生命体「嵌合体（キメラ）」が跋扈する――未だ、人の住めない世界であった。

人類の生存期限が迫りくる中、地上の毒に耐性を持ち尚且つ特殊な力を扱える者たちが人類存続の手がかりを探すために地上のフロンティアへと足を踏み入れる。