考古学を志す青年、ヒオン。
彼はある日、謎の少女フィーネと出会う。

ヒオンがフィーネと出会ったとき、彼女は記憶を喪失した状態であった。
しかし、なぜかフィーネはヒオンが研究、解読を進めているイース文明の文字が読めてしまう。

イース文明の謎を解くカギはフィーネにある。
また、フィーネが自分の記憶を取り戻すカギはイース文明にある。

ヒオンとフィーネはその記憶を探るため、イースの遺跡へと足を運ぶのであった。